El poema «Paternal», per exemple, que data de 1893, descriu com els primers atemptats anarquistes van sembrar el pànic i la inquietud a Barcelona. El públic del Liceu, on es cultivaven i consagraven la cultura i la ideologia de la burgesia catalana, havia perdut la seva tranquil·litat i seguretat. El poema va captar com un sismògraf un dels primers indicis del terratrèmol polític i social que assolaria Espanya. A principi de la dècada dels noranta del segle XIX, Maragall es va mostrar molt interessat per l’obra de Nietzsche. La impactant imatge de l’infant satisfet que riu bàrbarament és una reminiscència de Zaratustra, obra que Maragall va presentar en un article de diari aquell mateix any. L’autor veia en Spencer, Renan, Ibsen, Tolstoi i Nietzsche forces que convergien vers l’esfondrament de les velles formes socials, caigudes en el descrèdit.

La guerra de 1898 va posar de manifest la sensibilitat amb què Maragall havia reaccionat davant els presagis de les commocions polítiques. Aquest conflicte bèl·lic va tenir com a conseqüències la destrucció de la flota espanyola per part dels Estats Units, la pèrdua de les darreres colònies transatlàntiques i la liquidació definitiva del que havia estat un imperi poderós. La reacció que va provocar a Espanya aquest esdeveniment va quedar àmpliament plasmada en les descripcions i observacions fetes pels autors de la Generació del 98, com ara Unamuno, Azorín, Baroja, Maeztu, Antonio Machado o Ortega y Gasset. Va ser a través d’aquests intel·lectuals de les lletres espanyoles que la commoció de la derrota va portar a una presa de consciència i a una onada de nacionalisme espanyol.

A Catalunya, el fracàs de l’exèrcit va ser un motiu més per replantejar-se les relacions amb el govern de Madrid. L’«Oda a Espanya» de Maragall va ser una manera de passar comptes amb Espanya i la seva política. La manca de realisme dels espanyols, l’extravagància de les seves absurdes quimeres (que ja va ser un dels temes centrals del Don Quixot, escrit gairebé tres-cents anys abans) i les consegüents misèries polítiques i econòmiques es manifesten en aquest poema en una situació concreta: els soldats que parteixen cap a la guerra. El desafiant «Adéu, Espanya!» amb què es tanca el poema és la conclusió lògica de les reflexions del poeta.

Maragall va concebre aleshores la idea d’una gran federació ibèrica, en la qual haurien de conviure amb els mateixos drets les tres llengües de la península: l’espanyol, el català i el portuguès. D’aquest projecte en va parlar amb Unamuno en diverses ocasions. Però per a l’autor més representatiu de la Generació del 98, tot i que provenia del País Basc, un territori en què la societat també estava dividida per discrepàncies entre minories, el problema català era tan sols un problema artificial. És estrany que el perspicaç intèrpret del mites espanyols declarés que els dos poetes més grans de la península Ibèrica dels darrers cent anys havien estat Verdaguer i Maragall, però que, per altra banda, no volgués admetre que ho havien arribat a ser, en gran part, gràcies a la seva llengua materna i al moviment de renovació que s’estava gestant a la seva terra natal. Unamuno s’entestava a veure la qüestió catalana només com una tossuderia separatista. Per a ell els habitants de la costa est eren gents de naturalesa infantil i juganera que es negaven rotundament a fer seva la causa espanyola.

El poema polític més important de Maragall, «Oda nova a Barcelona», va ser concebut en un principi com un cant a la metròpoli que s’eixamplava a gran velocitat. Però a causa dels esdeveniments de la Setmana Tràgica, el poema va adquirir un caràcter completament diferent. Els aldarulls del juliol de 1909, que van desencadenar una autèntica revolta als carrers de la ciutat i van comportar la crema d’esglésies i convents, van començar com una onada de protestes contra la guerra d’Espanya al Marroc. Les tropes s’embarcaven a Barcelona; el record de la derrota i de les víctimes de 1898 estava molt present en la població. Davant de la redacció del polèmic diari El Poble Català, contrari a la guerra, es va celebrar una manifestació de suport als redactors. L’agitació política, l’exaltació civil i el moviment anarquista van desencadenar aquests disturbis, que avui es veuen com un preludi de la Guerra Civil Espanyola. Durant el decurs d’aquests esdeveniments, Maragall no es va limitar a la indignació burgesa, sinó que en els seus articles es preguntava quines eren les causes socials del conflicte. La burgesia catalana es trobava aleshores entre dos fronts: el govern de Madrid i una classe treballadora que s’estava organitzant.

El poema acaba amb l’ovació, no gaire reeixida poèticament, de Maragall al magnífic edifici d’Antoni Gaudí, la Sagrada Família. En una altra ocasió, Maragall va escriure que «Barcelona mostra amb orgull a tots els forasters el seu temple en construcció, el temple que ennobleix l’expansió de la ciutat. Ben aviat, Barcelona serà la ciutat d’aquest temple, i sembla com si aquest temple només pogués estar fet per a aquesta ciutat; seran per sempre l’un de l’altre».

El component franciscà de l’obra maragalliana va trobar la seva manifestació més profunda al «Cant Espiritual», escrit a l’hivern de 1909-10 i traduït per Camus i Montale, entre d’altres. Aquest poema se’ns presenta com el testament espiritual de Maragall, però alhora també és el testimoni de la seva profunda anàlisi de les ideologies que van marcar el segle XIX. Per a Maragall, que va traduir Goethe, la crítica que es feia en aquells moments a la insatisfacció de Faust va ser un punt de partida clau de la seva polèmica contra el desassossec i la inquietud, contra les insatisfaccions dels romàntics i l’Sturm und Drang.